La presunta violación de la garantía de juez natural sobre la competencia para emitir una orden de allanamiento requerida por el Gobierno de la Ciudad, ha sido categóricamente zanjada por el Tribunal Superior de Justicia de la Ciudad: “A falta de reglas precisas sobre la competencia para emitir una orden de allanamiento requerida por el Gobierno de la Ciudad, es claro que debe intervenir el juez que previno. Se trata por una parte, del cumplimiento de una regla de garantía constitucional (art. 18, CN) que exige el control de un juez frente a la necesidad de la Administración de allanar un domicilio. Las normas de competencia, eventualmente, no hacen otra cosa que reglamentar la garantía para su mejor funcionamiento, pero cuando ellas no existen, cualquier juez es idóneo para efectuar el control y expedir la orden o rechazar el pedido (conf. TSJ in re “GCBA c/Prop. Sanchez de Bustamante 1225 s/allanamiento s/cuestión de competencia” Expte. Nº 896/01, resolución del 15 de mayo de 2001. Criterio que ha reiterado en los autos “Dirección General de Higiene y Seguridad Alimentaria c/Prop. Local Av. Gral. Paz 10.634, 4º 406 s/aut. Adm. Actora-otros”, Expte. Nº 859/01, resolución del 30 de abril de 2001 y “Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires c/Prop. Pasaje Bollini 2157 s/allanamiento s/cuestión de competencia”, Expte. Nº 1258/01; entre otros).

En el caso, no resulta aplicable el principio de la perpetuario iurisdictionis, toda vez que el Tribunal Supremo de la Nación ha manifestado que las mutaciones a las que se refiere dicho principio son las de hecho, y no las de derecho como sucede en el presente caso, en que se ha modificado la distribución de competencias entre los distintos órganos jurisdiccionales.

No cualquier modificación en la atribución de competencias implican per se afectación a la garantía constitucional de juez natural.
En tal sentido, es dable recordar que la Corte Suprema de la Nación ha sostenido (Fallos: 234:482, 310:2845, entre otros) que las leyes que adjudican competencia a los tribunales judiciales no tienen que ser necesariamente anteriores al “hecho” del proceso, ni siquiera anteriores a la iniciación del mismo. Por el contrario, considera que las leyes modificatorias de competencia – en cuanto son de orden público – son directamente aplicables a las causas pendientes en tanto no alteren los actos procesales válidamente cumplidos; siendo el momento procesal último a partir del cual ya no se puede sustraer del proceso al tribunal que conoce el de la traba de la litis en los procesos no penales, y la acusación en los de esa naturaleza. Asimismo, ha afirmado que la intervención de nuevos tribunales judiciales de carácter permanente, que intervienen en procesos pendientes conforme a nuevas leyes de distribución de competencia, no ofende a la garantía de los jueces naturales.

El artículo 36 del Código Procesal Penal de la Nación (de aplicación supletoria conf. art. 6 de la LPC) establece que la inobservancia de las reglas que determinan la competencia en razón de la materia, produce la nulidad de los actos, tratándose de una nulidad absoluta que debe declararse en cualquier estado del proceso (art. 35 inc. 1° del CPPN). A su vez el artículo 167 inciso 1° dispone que se entiende prescripta bajo pena de nulidad, la observancia de las disposiciones concernientes a la capacidad objetiva del Tribunal. Tal nulidad es insubsanable.
Del carácter de orden público de tales normas y del principio de improrrogabiliad de la competencia penal que busca hacer práctica la garantía del juez natural, se desprende que necesariamente deben ser observadas, ya que “...ello se vincula a la organización de la administración judicial, es de naturaleza pública y la ley no puede en este sentido admitir una apreciación distinta de los particulares” (Corte Suprema de Justicia de la Provincia de Tucumán, sala criminal y penal, 25/03/1998 “Rougés de Villazerda, María”), lo que equivale a decir que no pueden ser modificadas por la voluntad de las partes expresada, verbi gratia, en un acuerdo de juicio abreviado, constituyendo un deber inexcusable de los jueces velar por el estricto acatamiento de ellas. Lo dicho, va de suyo, vale tanto para un sistema acusatorio como para cualquier otro y es independiente de la cuestión de quién detente la titularidad de la acción pública.